La plupart des espèces de Chiroptères sont à l'heure actuelle en déclin dans toute l'Europe. La faiblesse de leur reproduction (la plus faible parmi les Mammifères de cette taille) (Beaucournu, 1962) , le manque total de moyens de défense pendant une grande partie de l'année ainsi que leur grande sensibilité au dérangement, en font des animaux particulièrement vulnérables à diverses menaces :

LES EMPOISONNEMENTS CHIMIQUES :
Les pesticides ont été utilisés à grande échelle à partir des années 50, en agriculture et dans le traitement des charpentes, et ont joué un rôle important dans le déclin des populations de chauves-souris (Quekenborn, 2002) . Ainsi, les insecticides réduisent d'une part les populations d'insectes dont elles se nourrissent, et, d'autre part, empoisonnent directement les chauves-souris qui ingèrent les produits toxiques soit par inhalation, soit en l'avalant lors du toilettage après s'être frotter à des charpentes traitées ou lors de la consommation d'insectes contaminés. Les résidus de pesticides s'accumulent dans les graisses qui, lorsqu'elles sont utilisées pendant de longs vols ou pendant l'hibernation, libèrent ces molécules toxiques qui touchent principalement le cerveau et provoquent des troubles pouvant aboutir à la mort (Brosset, 1978) .

Les modifications de l'habitat par l'agriculture intensive et la raréfaction des gîtes :
Les transformations radicales du paysage engendré par l'homme sont à l'origine d'une érosion significative de la biodiversité (Fairon, 1995)  : l'arrachage des haies, la diminution de zones boisées, la monoculture, l'enrésinement ou l'assèchement des zones humides conduisent à la diminution de la biomasse entomologique, à la disparition des territoires de chasse ainsi que des corridors boisés que les chauves-souris utilisent comme route de vol.

De plus, de nombreuses carrières souterraines ou mines ont été fermées voire détruites afin de minimiser les risques pour les hommes mais sans prendre en compte les populations de chauves-souris, engendrant la disparition de gîtes d'hibernation majeurs. Il en est de même pour les gîtes de reproduction, essentiellement liés aux constructions humaines qui sont suffisamment chaudes et permettent aux chauves-souris de limiter les coûts énergétiques inhérents à la mise bas et à l'élevage des jeunes. Mais l'architecture moderne veut que tout l'espace intérieur soit utilisé, contrairement aux habitations anciennes comme les fermes où greniers, granges et caves étaient toujours présents. Les aménagements anti-pigeons des combles et clochers d'églises rendent hermétiques aux chauves-souris ces lieux adéquats. De plus, les puissants éclairages nocturnes utilisés font fuir les colonies. Le petit patrimoine bâti que représente les cabanons est souvent en ruine lorsqu'il n'est pas racheté pour construire des maisons secondaires.

Le dérangement
En plus de l'empoisonnement chimique et des modifications brutales du territoires, les dérangements paraissent avoir été, en France, l'un des facteurs principaux de la raréfaction des colonies de chauves-souris (Brosset, 1978) . Depuis un demi-siècle, l'engouement pour les milieux souterrains conduit des milliers de spéléologues et de touristes dans les cavités naturelles. Derniers lieux vierges offrant les conditions sine qua non pour l'hibernation, les grottes sont aujourd'hui considérées par la majorité des utilisateurs comme terrain d'aventure, source d'adrénaline ou source pécuniaire. Les dérangements occasionnés par les bruits, les aménagements touristiques, les éclairages, les manipulations ou la destruction directe font que les populations de chauves-souris cavernicoles sont aujourd'hui toujours en déclin. Ces perturbations poussent ces mammifères ailés à fuir des gîtes qui étaient utilisé par leur espèce depuis des milliers voire des millions d'années… D'autre part, dans les années 1960, les zoologistes ont aussi joué un rôle néfaste par le prélèvement de spécimens mais aussi par de nombreuses campagnes de baguages, pratiqués sans réelles connaissances des besoins et de la biologie des espèces.

Aujourd'hui, dans les villages, il n'est pas rare de rencontrer des personnes âgées qui nous racontent que dans les années 1950, elles voyaient des milliers de chauves-souris accrochées au plafond de telle ou telle grotte, que certaines personnes allaient chercher, par centaines de kilo, le guano et s'en servaient d'engrais naturel... Aujourd'hui, dans ces même cavités, il ne reste que quelques traces au plafond…